Détaché du Diocèse de Nyundo, le Diocèse de Cyangugu couvre actuellement les deux Districts administratifs Rusizi et Nyamasheke. Après son érection le 14/11/1981, il fut confié à S.E Mgr Thaddée NTIHINYURWA, comme Évêque résidentiel jusqu’à sa nomination comme Archevêque de Kigali le 25 mars 1996, et en même temps Administrateur Apostolique de Cyangugu. Le 18/01/1997 le Saint-Père nomma S.E. Mgr Jean Damascène BIMENYIMANA Évêque de Cyangugu. Il a assuré le gouvernement du Diocèse jusqu’à son décès survenu  le 11/3/2018.

Le 16 Mars 2018, Monseigneur Célestin HAKIZIMANA, Evêque de Gikongoro, a été nommé Administrateur Apostolique du Diocèse de Cyangugu. Il a comme devise de son épiscopat le passage évangélique de Lc 5, 4: « Duc in altum» (« Avance au large»).

Le 06 Février 2021, Sa Sainteté le Pape François a nommé Monseigneur Edouard SINAYOBYE comme Evêque de Cyangugu. Son sacre a eu lieu le 25 Mars 2021. Sa dévise est « FRATERNITAS IN CHRISTO ».

Mgr Édouard SINAYOBYE est né le 20 Avril 1966 dans le District de Gisagara, Diocèse de BUTARE. Après les études primaires à Higiro, il a fait les études secondaires au Petit Séminaire Saint-Léon de Kabgayi (où il a obtenu le diplôme dans la section Latin et langues modernes). De 1993 en 1994, il a suivi les études au Grand Séminaire Propédeutique de Rutongo. De 1994 en 2000, il a fait les études philosophiques et théologiques au Grand Séminaire Saint-Charles Borromée de Nyakibanda. Il a été ordonné prêtre le 12 Août 2000. Après avoir été ordonné prêtre, il a exercé le ministère sacerdotal à la Paroisse Cathédrale de Butare comme vicaire paroissial et directeur de la Commission diocésaine de Justice et Paix. En 2005, il a été nommé Curé de la Paroisse Gakoma. Depuis 2008 jusqu’en 2013, il a fait les études théologiques près l’« Instituto di spiritualità Teresianum» de Rome où il a obtenu un Doctorat en théologie spirituelle. Il est l’auteur de plusieurs publications, entre autres, Jean-Paul II, Pèlerin de l’espérance et Mère du Verbe à Kibeho. Un Charisme de renouvellement spirituel pour notre temps, paru aux Editions Pallotti Presse, Kigali, 2015. Depuis 2013 à sa nomination il était Recteur du Grand Séminaire Propédeutique Regina Apostolorum de Butare.

Le Diocèse de Cyangugu a une superficie habitable de 1 125 km², le reste étant couvert par le parc national de Nyungwe et le lac Kivu. La population totale est estimée à 681 968 habitants et les chrétiens catholiques à 318 890 (selon les statistiques 2012).